Riassunto analitico
Il linfoma a cellule del mantello (MCL) comprende circa il 5% dei linfomi non-Hodgkin. La sua evoluzione clinica è solitamente molto aggressiva e la risposta ai trattamenti è caratterizzata da frequenti ricadute; ad oggi è pertanto considerata una patologia incurabile.
La traslocazione t (11, 14) (q13, q32) rappresenta l'evento genetico primario nella patogenesi del tumore, ma è ormai noto che vi sono anche diversi altri meccanismi genetici e molecolari coinvolti nella sua patogenesi che correlano la disregolazione della proliferazione e la sopravvivenza cellulare con un alto livello di instabilità cromosomica che sembra legata alla disregolazione della via di risposta al danno al DNA.
Sulla base di un lavoro precedente che mostra l'attivazione di diverse chinasi appartenenti alla via del recettore delle cellule B (BCR), abbiamo cercato di individuare i fattori genetici di attivazione della chinasi nel linfoma alle cellule del mantello. Abbiamo quindi analizzato il profilo mutazionale del linfoma mediante tecnologie di sequenziamento classico e di nuova generazione.
Attraverso sequenziamento classico di Sanger abbiamo identificato in linee cellulari polimorfismi nei geni PKCD, PRP4B e BTK, ed una nuova variante fisiologica per il gene CD79B; tutti questi geni appartengono appunto alla via del BCR.
Nella seconda parte i questo lavoro abbiamo sequenziato l’intero trascrittoma di 7 casi di MCL, applicando una tecnologia di sequenziamento di nuova generazione (RNA-seq), per identificare tutte le mutazioni presenti nei campioni analizzati, comprese mutazioni puntiformi, inserzioni e delezioni, e fusioni geniche. Abbiamo ottenuto, come previsto, una quantità enorme di dati e alcuni di questi sono stati validati mediante sequenziamento classico permettendoci di identificare mutazioni puntiformi nei geni NOTCH2, ATM, GOT2 e CHPF2.
Le mutazioni identificate potrebbe essere importanti nella patogenesi del linfoma a cellule del mantello, tuttavia il loro ruolo deve essere validato da studi funzionali e indagando una serie più ampia di casi. Nel prossimo futuro nuovi algoritmi bio-informatici potrebbero inoltre aiutarci a discriminare le mutazioni più importanti.
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Abstract
Mantle cell lymphoma (MCL) comprises about 5% of all cases of non-Hodgkin lymphoma. Its clinical evolution is usually very aggressive with short responses to treatment and frequent relapses; to date its considered an incurable disease. The t(11;14)(q13;q32) is considered the primary genetic event in the pathogenesis of the tumour but it is now know that there are different genetic and molecular mechanisms involved in its pathogenesis that combine the deregulation of cell proliferation and survival pathways with a high level of chromosome instability that seems related to the disruption of the DNA damage
response pathway.
Starting from previous work showing the activation of several kinases belonging to the B-cell receptor (BCR) pathway, we tried to identify the genetic drivers of kinase activation in MCL. We therefore, analyzed the mutational landscape of MCL by classical and next-generation sequencing technologies.
By classical one-by-one Sanger sequencing approach we identified in MCL cells lines polymorphisms in PKCD, PRP4B and BTK, and a new physiological variant in CD79B; all these genes belong to the BCR pathway.
In a second step of this work, we also applied whole-transcriptome sequencing technologies (RNA-seq), to a series of MCL case to identify all the mutations present in the analyzed samples, including point mutations, insertion/deletions and gene fusions. We obtained, as expected, enormous amount of data and some of these have been validated by Sanger sequencing allowing us to identify point mutations in NOTCH2, ATM, GOT2 and CHPF2.
The identified mutations might be important in the pathogenesis of MCL, however their role needs to be validated by functional approaches and investigating a larger series of cases. Novel bio-informatical algorithms might also help in discriminating relevant mutations in the next future.
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