Riassunto analitico
In ogni cellula la totalità delle informazioni genetiche ereditarie è codificata nella forma di DNA, attraverso il genoma. Negli ultimi decenni, è stato dimostrato che la variabilità tra cellule, tessuti e organismi della stessa specie è dettata non solo dalla sequenza aminoacidica ma anche da modificazioni epigenetiche, che non alterano la sequenza del DNA ma che a partire dallo stesso genotipo possono portare a un diverso fenotipo.
L’introduzione di tecnologie come il microarray e il sequenziamento ultra massivo, ha avuto un grosso impatto nel campo delle biotecnologie e di conseguenza ha favorito la nascita di nuovi approcci sperimentali. Essi hanno consentito un enorme progresso nello studio dell’immunità adattativa, nonostante ciò l’ontogenesi e il differenziamento delle cellule T della memoria rimangono ancora materia di dibattito.
Queste metodologie si sono rivelate fondamentali per studiare il livello di espressione genica in uno o più specifici stati cellulari aumentando così la conoscenza scientifica su possibili meccanismi molecolari coinvolti sia in processi fisiologici sia in quelli patologici. Questo lavoro di tesi, attraverso un approccio computazionale, ha come scopo quello di definire il ruolo di due elementi regolatori della trascrizione coinvolti nel differenziamento e nell’autorigenerazione cellulare dei linfociti T CD8.
Nella prima parte della tesi, il meccanismo di regolazione di MEOX1 è stato caratterizzato attraverso l’analisi dati generati con la tecnologia del microarray. Nella parte successiva, mi sono focalizzato sui meccanismi di regolazione del fattore di trascrizione IRF8, effettuando un’integrazione dei dati analizzati con le tecniche di sequenziamento ultra massivo NGS (RNA-Seq e ChIP-Seq). Gli esperimenti condotti nell’ambito di questa tesi hanno permesso di caratterizzare questi fattori di trascrizione sia da un punto di vista molecolare che funzionale, evidenziandone un ruolo fondamentale sia nel processo di differenziamento che nella funzione effettrice dei linfociti T della memoria.
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