Riassunto analitico
I plasmidi contribuiscono alla variabilità genetica delle popolazioni microbiche tramite il trasferimento genico orizzontale basato anche sulla coniugazione. Spesso questi elementi genici mobili trasportano geni accessori alla sopravvivenza del microrganismo che gli conferiscono un vantaggio competitivo come la resistenza ad antibiotici o xenobiotici, la produzione di batteriocine o il completamento di specifiche vie metaboliche. Il trattamento delle infezioni batteriche tramite la “Bacterial Conjugation-Based Technology” (BCBT) rappresenta un approccio alternativo all’utilizzo degli antibiotici convenzionali, che sfrutta la coniugazione batterica. Si basa sull’uso di plasmidi coniugativi ricombinanti che veicolano geni codificanti per agenti antimicrobici (batteriocine), la cui espressione nel microrganismo target ricevente sensibile ne causa la morte cellulare. Questo progetto di tesi si colloca in uno studio più ampio che si pone come obiettivo quello di determinare in vitro l’efficacia del ceppo E. coli ŽP: si tratta di un ceppo sviluppato presso l’Università di Lubiana dal gruppo dalla Prof.ssa Marjanca Starčič Erjavec che, attraverso il principio d’azione della BCTB, potrebbe rivelarsi un microrganismo probiotico utile nel trattamento di infiammazioni intestinali causate da enterobatteriacee. Questo progetto costituisce uno studio preliminare che ha come obiettivo la messa a punto di un modello in vitro che permetta di ottenere informazioni riguardanti l'efficacia del ceppo impiegato. Per ottenere ciò, è stato necessario uno screening delle popolazioni di enterobatteriacee e di E. coli intestinali dei campioni fecali di 10 volontari sani e la tipizzazione degli isolati. Gli esperimenti condotti sono stati così articolati: • isolamento e tipizzazione di ceppi di E. coli mediante tecniche di fingerprinting molecolare ERIC-PCR (Enterobacterial repetitive intergenic consensus); • isolamento e tipizzazione di ceppi di enterobatteriacee mediante tecnica ERIC-PCR; • la ricerca dei geni traD, colE7 e immE7 negli isolati tramite PCR-multiplex e dosaggio in estratti fecali totali tramite Real-Time PCR (qPCR), al fine di determinare la presenza di: o plasmidi coniugativi episomali o integrati (traD) o dell’operone della colicina E7 (colE7) o del gene che conferisce l’immunità alla colicina E7 (immE7) • la caratterizzazione della popolazione microbica intestinale relativamente a batteri totali, enterobatteriacee ed E. coli mediante Real-TimePCR (qPCR); • lo studio del profilo di antibiotico resistenze degli isolati; • lo studio della capacità del ceppo E. coli ŽP di coniugare con isolati di enterobatteriacee esplicando la sua azione antimicrobica.
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