Riassunto analitico
I colangiocarcinomi (CCA) sono tumori rari e altamente letali che hanno origine nel dotto biliare. A causa della loro gravità, lo studio dello sviluppo del tumore, della morfologia delle cellule e di un modello predittivo adeguato può aiutare a sviluppare soluzioni terapeutiche più efficaci. I microRNA sono piccole molecole di RNA non codificante, che possiedono capacità di regolare lo sviluppo di tumori e il loro comportamento. Il ruolo dei microRNA nei CCA risulta attualmente ancora poco compreso. Per identificare possibili network di geni bersaglio di microRNA, abbiamo selezionato 2 linee cellulari di CCA, Sk-ChA-1 e Mz-ChA-1, e investigato l'alterazione della loro espressione in seguito al cambiamento della tipologia di coltura. Infatti, colture sferoidali (3D) e monostrato (2D) possono costituire buoni modelli per lo studio di caratteristiche tumorali più o meno aggressive.
Il cambiamento nel profilo d’espressione dei microRNA è stato analizzato con la piattaforma nanostring nCounter. I dati ottenuti sono stati elaborati selezionando i microRNA staticamente significativi e valutato i loro potenziali bersagli genici utilizzando vari webtools come mirDB, miRTarBase e DIANAtools. La pathway analysis e la creazione dei network è stata eseguita attraverso 2 diversi strumenti bioinformatici, quali WebgestAlt e Cytoscape.
La prima analisi è stata eseguita su 3 microRNA comunemente deregolati nelle colture 3D, e riguardante hsa-miR-1283, hsa-miR-577 e miR-2113. Essi controllano l'espressione di geni coinvolti in pathway molecolari associati al ciclo cellulare e controllati dal Wnt signaling, mentre l’analisi generale ha evidenziato arricchimenti associati sempre al ciclo cellulare e cambiamenti delle strutture citoscheletriche, strettamente correlati a crescita del tumore e trasformazione da epiteliale a mesenchimale.
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