Riassunto analitico
La diffusione di enterobatteri resistenti ai carbapenemici (CRE) rappresenta una problematica di rilevante interesse per la salute pubblica. Dalla scoperta dei primi CRE nel 1996, in paesi come Italia, Grecia e Romania, si è giunti a una situazione endemica in cui la percentuale di isolati invasivi di Klebsiella pneumoniae (KP) resistenti ai carbapenemici era, nel 2014, rispettivamente pari al 32,9%, 62,3% e 31,5%. La resistenza ai carbapenemici può essere dovuta a differenti meccanismi. Negli enterobatteri, ad esempio il meccanismo più frequente è la produzione di carbapenemasi, -lattamasi appartenenti alle classi A, B e D di Ambler. Le -lattamasi seriniche di classe A sono espressione quasi esclusiva del gene plasmidico blaKPC; le metallo--lattamasi (MBL) di classe B sono spesso caratterizzate dalla presenza di geni quali blaVIM e blaNDM, mentre la classe D è espressione dei geni blaOXA-48-like. Di minore frequenza sono le resistenze combinate, quali la presenza di -lattamasi a spettro esteso (ESBL) o quella del gene AmpC associate a deficit di porine o a iperespressione delle pompe ad efflusso. Lo studio, oggetto di questa tesi, ha riguardato l’analisi epidemiologica dei CRE presso l’Arcispedale S. Maria Nuova di Reggio Emilia, nel periodo maggio 2011 – dicembre 2015. A tale riguardo, sono stati analizzati 282 ceppi batterici isolati da 253 pazienti (un singolo isolato per distretto corporeo per paziente per anno). Su tali isolati sono stati eseguiti test fenotipici e molecolari per caratterizzarne i geni di resistenza. I test fenotipici erano basati sulla valutazione di particolari sinergie in agar-diffusione, caratteristiche per le diverse -lattamasi. La valutazione molecolare dei geni di resistenza presenti negli isolati è stata eseguita mediante multiplex-PCR home made; la tipizzazione molecolare è stata fatta su un numero ristretto di isolati utilizzando la tecnica RAPD. Endpoints secondari dello studio sono stati la comparazione fra sensibilità antibiotiche degli isolati ottenute con diverse metodiche, nonché la valutazione della performance di una metodica commerciale per la rilevazione di geni di resistenza. Centocinquantasei isolati clinici possedevano il gene blaKPC (148 KP, 8 E. coli - EC); 59 il gene blaVIM (49 KP, 4 EC, 4 Enterobacter cloacae e 2 Klebsiella oxytoca); 19 presentavano il gene blaNDM (13 EC, 5 KP e 1 Providencia stuartii), 6 ceppi avevano il gene blaOXA-48-like; 1 aveva contemporaneamente blaNDM e blaOXA-48-like, mentre 42 isolati non presentavano resistenza dovuta a produzione di carbapenemasi, ma erano ESBL+ o AmpC+ con probabile deficit porinico. La tecnica RAPD è stata eseguita su: 73 KP KPC+, 44 KP VIM+ e 13 EC NDM+ permettendo di distinguere diversi profili, utili a fini epidemiologici. Fra i test di sensibilità agli antibiotici, l’agar diffusione secondo gradiente è risultato in grado di determinare valori di CMI più simili al metodo di microdiluizione in brodo, usato come gold standard. Dei due strumenti automatici utilizzati nello studio, uno è risultato avere performances migliori. Infine, relativamente alle metodiche molecolari usate per l’identificazione di geni di resistenza, si è osservata una ottima concordanza tra i risultati ottenuti con il saggio commerciale e la metodica home made.
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