• bmi
• gwas
• kcnk9
• poe
• slc2a10

Molti studi di associazione hanno identificato fattori genetici che possono influenzare tratti fenotipici comuni come, ad esempio, l’indice di massa corporea (BMI). Questi studi ipotizzano che l'effetto di varianti genetiche sia lo stesso, indipendentemente dal fatto che la variante sia ereditata dalla madre o dal padre. Tuttavia l’effetto fenotipico di alcune di queste varianti può effettivamente dipendere dall’origine parentale degli alleli (POE, parent-of-origin effects).
Un nuovo approccio statistico è stato sviluppato da bioinformatici al fine di individuare l’effetto dell’origine parentale degli alleli in una coorte di individui non imparentati tra loro. Questa metodologia ha identificato sei marcatori genetici che potrebbero influenzare BMI a seconda di quale sia l’origine parentale degli alleli stessi. La mia tesi si proponeva di valutare per due di questi marcatori la presenza di POE in famiglie, dove è possibile tracciare l’origine delle varianti genetiche. In particolare lo scopo è stato testare, mediante PCR, se l’allele paterno rs2471083 (posizionato vicino al gene sottoposto a imprinting KCNK9) e l’allele paterno rs3092611 (posizionato vicino al gene SLC2A10) aumentano il livello di espressione dei geni corrispondenti se comparati al rispettivo allele materno.
In conclusione questo lavoro riguarda due nuovi loci e la loro possibile influenza su BMI in modo dipendente dall’origine parentale dell’allele trasmesso. Lo studio apre, inoltre, nuove opportunità sull’uso degli studi di associazione GWAS, svolti tenendo conto anche degli effetti dovuti all’origine parentale delle varianti genetiche.

Genome-wide association studies (GWAS) have revealed many genetic factors influencing common traits, like body mass index (BMI). These studies assume that the effect of genetic variants is the same regardless of whether the variants are inherited from mother or father. However, the phenotypic effect of some of these variants may depend on their parental origin. A new statistical approach was developed by bioinformatics groups to detect parent-of-origin effects (POE) in genome-wide genotype data of unrelated individuals. This methodology allowed to identify six candidate genetic markers showing strong POE association to BMI. My thesis project contributed to describe the POE effects of two of these markers in family-based studies, where we could deduce the parental origin of the inherited variants. My thesis work was focused on the expression levels of two genes (KCNK9 and SLC2A10) that were probably dependent on the parental origin of their SNPs’ alleles. Specifically this study tested, through PCR analysis, if the paternal rs2471083 allele (located near the imprinted KCNK9 gene) and the paternal rs3092611 allele (located near the SLC2A10 gene) increase BMI compared to the respective maternal alleles. In conclusion we tried to identify two new loci influencing BMI in a manner dependent on the parent-of-origin of the transmitted alleles. The study could also allow exploiting GWAS data of unrelated individuals to identify parent-of-origin effects influencing other common traits.