Riassunto analitico
Il G-quadruplex (G4) è una struttura secondaria del DNA caratterizzata da ruoli biologici ancora non del tutto chiari, sebbene la recente letteratura scientifica la associ alla regolazione dell’espressione genica. Identificare la presenza di tali strutture nel genoma umano può fornire informazioni importanti dal punto di vista genetico e terapeutico. Obiettivo di questa tesi è stata l’identificazione di possibili strutture G4 a livello del gene RPGR, in un paziente affetto da retinite pigmentosa con trasmissione X-linked. Tale studio è stato effettuato mediante whole genome sequencing (WGS) del DNA genomico del paziente amplificato tramite whole genome amplification (WGA), in presenza ed in assenza di uno stabilizzatore delle G4. Tale molecola, la piridostatina (RR82), si lega in modo specifico alle strutture G4 sul DNA genomico, e blocca l’azione della DNA polimerasi in vivo, nonché la Taq polimerasi in reazioni a catena della polimerasi (PCR), inibendo l’amplificazione dei frammenti che presentano tali strutture. L’analisi comparata tra la WGS del campione trattato con piridostatina e quello non trattato, ha mostrato importanti differenze a livello del gene RPGR, avvalorando l’ipotesi che a livello di tale gene, specialmente dell’esone ORF15, si possano formare delle strutture G-quadruplex in grado di alterare, in vitro, l’amplificazione dello stesso gene tramite PCR, ed in vivo, possibili alterazioni a livello della trascrizione di RPGR. Tutto ciò potrebbe contribuire, insieme alla presenza di varianti nel gene, all’insorgenza e/o alla progressione della degenerazione retinica nella forma X-linked di retinite pigmentosa.
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